多微麸曲具备原材料简单、成本费用低、固态深层通风培养时间较短、成品曲糖化力高、出酒率高、酿制原材料适应能力广等特点，同时也具有储存期短、商品风味稍弱的缺陷。加工制作多微麸曲时，需要注意五个重要环节，即严谨配料、把控蒸煮、掌控温度(室温和产品温度)、维持水分释放水分(调节通风)、避免出现发霉。

除此之外，还要考虑到曲霉菌的特点，特别注意淀粉在整体生产过程中的消长。因为多微麸曲不容易贮存，麸曲生产需有计划，酒曲制作后要尽早应用，不然很容易造成淀粉酶活性忽然降低，产生霉菌。经检测，黄曲存放3天后糖化力下降20%。贮存3天后，黑曲的糖化力下降30%。曲的水分含量越高，酶活性忽然降低越高，霉菌感染越多，贮存过程当中酸度不断增长，有烧曲的风险。